上海市男科医院比较好的有上海交通大学医学院附属仁济医院、上海长海医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院等。其中上海交通大学医学院附属仁济医院泌尿外科是国家临床重点建设专科、重点建设学科，上海市重点发展临床诊疗中心，下设有男科学专业，在男科疾病的诊治上有丰富的经验。位于复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第7名。 上海长海医院男科被划分为泌尿外科，是新中国成立后的第一批泌尿外科专业学科，是国内最大的微创泌尿外科培训基地之一。学科在前列腺癌的早期诊断、根治手术以及综合治疗方面处于国际领先水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、男科疾病的诊治等领域处于国内领先水平。 上海交通大学医学院附属瑞金医院泌尿外科是我国最早成立的泌尿外科之一。为国家211重点建设学科、医学院重点建设学科。2012年的“复旦全国学科排名”，瑞金泌尿外科获得提名，成为全国前20强。瑞金泌尿外科可诊治泌尿男生殖系各种疾病，特别擅长以先进、微创手段诊治各种疑难杂症。