胃肠外科比较好的医院有四川大学华西医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院、浙江大学医学院附属第一医院等。这三家医院分别位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第3、6、7名。 四川大学华西医院胃肠外科是教育部国家重点学科、国家卫计委临床重点专科、我国胃肠外科疑难疾病诊治中心、卫生部内镜专业技术普通外科培训基地。中心长期致力于胃肠外科创新手术的探索与实践，旨在用最小的创伤、比较好的手术效果为胃肠外科患者服务。 华中科技大学同济医学院附属同济医院胃肠外科目前在消化道恶性肿瘤（如胃癌，结肠癌，直肠癌等的综合治疗、疑难危重疾病（如消化道出血，肠瘘，肠梗阻及严重术后并发症等）的诊治等方面，在中南地区，乃至全国都处于领先地位。 浙江大学医学院附属第一医院胃肠外科是集医疗、教学、科研和预防保健为一体的胃肠外科疾病诊治中心，是国家临床重点专科，亦是浙江省最早成立胃肠外科亚专科的单位。开展以手术治疗为主要手段的胃肠外科疾病全程化管理，科室主要收治的病种涵盖胃肠疾病（胃肠道良恶性肿瘤、胃肠道息肉及憩室等，胃十二指肠溃疡等）；腹部肿块（腹壁、腹腔及腹膜后肿瘤等）；腹部外伤等。