上海肠道科好的医院有上海交通大学医学院附属仁济医院、上海长海医院、复旦大学附属中山医院等。这三家医院的消化内科分别位于复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》第1名、第3名和第10名。 上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家临床重点专科、国家211工程重点学科、上海市重点学科、卫生部消化内科重点实验室。在消化道出血、黄疸、腹水、门脉高压、胃食管反流病、贲门失弛缓症、急性胃炎、慢性胃炎等疾病治疗方面有丰富的诊疗经验。 上海长海医院消化内科形成了“消化疾病内镜诊治、胰腺疾病基础与临床研究、胃肠动力障碍疾病诊治、胃肠道早期肿瘤微创诊治、军事应激胃肠病防治”为主的学科特色，集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名。 复旦大学附属中山医院消化科，是卫生部首批临床重点专科、卫生部专科医师培训基地、国家药品监督管理局中山医院临床药理基地单位、内科博士点和博士后流动站。设有脂肪肝、慢性肝病、食管胃静脉曲张随访、食管疾病、炎症性肠病、肠道微生态治疗、肿瘤治疗不良反应、幽门螺杆菌感染等多个专病门诊，年门诊人数逾34万人次。