上海市第六人民医院消化内科是聚医教研于一体的综合性科室，开放病房床位54张，重症监护床位6张。医护人员37名，其中主任医师、教授5人，主任护师及副主任护师2名，90%医师具有硕士、博士学位，为上海交通大学硕士、博士点及临床医学博士后点，现有博士生导师2人、硕士生导师5人，可招收消化学科、中西医结合一级学科（消化病学、肝病学、肿瘤学）硕士、博士生。目前已形成5个亚学科：小肠疑难疾病诊治专科、消化内镜诊治专科、胃肠功能障碍专科、肝胆胰专科、炎症性肠病专科。在国内外率先应用机器人智能胶囊内镜诊断小肠疑难疾病的诊治，其临床诊治与基础研究处于全国领先及国际前沿水平，对早期胃癌诊治及小肠肿瘤的筛查处于全国先进水平，胃食管反流病及肠易激综合症的临床诊治经验丰富，胃肠内镜下诊断及治疗独具特色，2005年成为国家卫计委（原卫生部）批准的首批消化内科住院医师培训基地，目前为国家临床药物试验GCP消化基地、国家消化内科住院医师培训基地、上海市消化专科医师培训基地，中国中西医结合学会消化胶囊内镜与肠病专家委员会主任委员单位、上海市中西医结合学会消化学会主任委员单位。

消化内科自1991年成立以来，先后承担国家八五胃癌重点攻关计划、国家自然科学基金、上海市医学重点项目、上海市自然科学基金、上海市重点创新技术专项基金等20项，发表中文核心及统计源论著400余篇，近5年发表SCI论文近70余篇（IF>5，10篇），主编《现代消化系肿瘤临床治疗学》、《消化疾病用药指南》、《消化疾病学》及参编专著18部，并先后获得中华医学科技进步二等奖、上海市施思明医学奖一等奖、上海市临床科技进步二等奖、上海医学科技进步三等奖、第二届江浙沪中西医结合学会贡献奖等6项，培养了硕博士毕业生90余名，其中1人入选国家教育部香江学者计划。

现任学科带头人、科主任朱金水教授，1995年毕业于上海第二医科大学获博士学位，留学美国纽约州立大学2年，现为上海交通大学教授、博士生导师，中华医学会肿瘤免疫学会名誉主任委员、教育部国家重点学科评审委员会委员、中华医学科技进步奖评审委员会委员、中国中西医结合学会消化胶囊内镜及肠病专家委员会主任委员、中国中西医结合学会消化学会常委、中国炎症性肠病中西医结合学会副主任委员、上海中西医结合学会消化学会主任委员、亚太肝病学会委员、欧洲胃肠学会委员、上海医师协会消化分会顾问、上海医学会消化学会及上海市医疗事故鉴定委员会和上海市医师协会中西医结合分会等委员，并担任《中华消化杂志》及EurJGastroenterology等编委，并先后培养了硕博士60名，在读硕博士研究生9名。六院消化科在早期胃肠肿瘤及小肠疑难疾病的临床诊治方面具有丰富经验，已常规开展内镜下粘膜剥离术(ESD)，ERCP，超声内镜(EUS)、内镜下肿瘤化疗、肝癌及胃癌或伴癌性腹水的一次性腹腔穿刺化疗术；国内率先将磁控智能机器人胶囊内镜应用于”长期慢性腹痛、腹泻及出血原因不明的疑难小肠疾病”诊断技术质量及数量均处于全国领先水平；同时该科对胃食管反流病、炎症性肠病、中西结合救治重症胰腺炎及慢性肝病诊治均具有丰富的临床经验。

自1997年开始，该科先后承担了国家I类继续教育项目《消化疾病诊治新进展》《中西医结合治疗消化系肿瘤新进展》《小肠疑难疾病诊治及新技术应用》每年定期举办，受到来自全国各地及上海各级医院学员的欢迎。