国内消化内科好的医院有上海交通大学医学院附属仁济医院、北京协和医院、上海长海医院等，分别在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》消化病排名中位居第一、第二、第三。 上海交通大学医学院仁济医院消化学科是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家重点学科、上海市“重中之重”临床医学中心（A类）、上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质量控制中心等。 北京协和医院消化内科是成立最早的专科之一，现已发展成为在国内外均很有影响的重点学科。消化内科的亚专业齐全、人才济济、临床和实验室技术实力雄厚，是一个高水平的消化病学、内镜学以及疑难重症的诊治中心。科内设有高水平的、面向全国的炎症性肠病和胰腺疾病诊治中心、消化内镜培训中心以及胃肠功能和动力疾病诊治中心。 上海长海医院消化内科为国家临床重点专科，军队“2110”工程重点建设学科、上海市医学重点学科,是集医疗、教学、科研为一体的专业化科室。科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名。