上海三甲医院排名比较推荐的是上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院等。其中上海交通大学医学院附属瑞金医院位列复旦版榜第四名，18个学科位居专科综合排名前十位，内分泌与代谢病学科始终稳居专科综合榜第一位；复旦大学附属中山医院全国排第五名，在全国三级公立医院绩效考核中连续4年获得最高评级“A++”；复旦大学附属华山医院是国内最著名、最具国际化特色的医教研中心之一，全国排第八名。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院
该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，拥有百年的深厚底蕴。医院学科齐全，技术力量雄厚，特色专科突出，尤其在血液内科、心血管内科、肾脏内科、消化内科等学科方面颇具特色。
2、复旦大学附属中山医院
该医院是中国最早的大型综合性医院之一，是国家卫生健康委预算管理单位，是三级甲等医院，连续4年获得最高评级“A++”。医院在心脏、肝脏、肾脏等领域的临床能力处于国内顶尖、世界先进水平，拥有多个国家和上海市重点学科和临床重点专科。
3、复旦大学附属华山医院
该医院是国内最著名、最具国际化特色的医、教、研中心之一，拥有多个重点学科和临床专科，医疗技术力量雄厚，著名专家云集。同时医院荣获多项荣誉称号，包括“上海市文明单位”、“全国文明单位”等。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院
该医院是上海开埠后第一所西医医院，是全国综合性三级甲等医院之一，学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体。在2019年度医院综合实力排名榜中位列全国第十五名，部分学科处于国内领先地位，部分领域达国际先进水平。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院
该医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院、上海市口腔干部保健医疗定点医院。现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。