上海市第六人民医院擅长骨科、耳鼻喉科、内分泌科、超声科、放射科。这5个学科具有雄厚的技术实力、病种诊治全面，患者可根据个人情况选择对应科室就诊。
1、骨科
已成为以四肢显微外科为主要特色，创伤骨科、关节外科、脊柱外科、关节镜外科等多个亚学科蓬勃发展的综合性创伤骨科。断肢再植，手指再造等显微外科技术，骨盆及髋臼骨折的内固定治疗，关节镜下韧带重建术，人工关节置换等特色学科项目均处于国内领先地位。
2、耳鼻喉科
是国家临床重点专科、上海市“重中之重”重点学科，学科掌握先进的耳显微、耳神经外科及侧颅底外科技术。在国内率先开展耳道上径路以及多种疑难、复杂病例的耳蜗植入，是国内常规、规模化开展听神经瘤、颈静脉孔区肿瘤等侧颅底外科手术的少数中心之一。
3、内分泌科
学科是国内较早开展糖尿病基础和临床研究的单位，是我国糖尿病分子病因学的发源地之一，亦是我国糖尿病研究领域成果最多、内容最丰富的单位，亦是公认的国内著名、国际知名的糖尿病研究、诊治中心。
4、超声科
是卫生部影像医学国家级继续医学教育基地，学科医疗设备先进、齐全，学科功能兼有影像诊断和介入治疗，已建立PACS 系统，实现了影像资料无胶片化。
5、放射科
是“中国超声诊断发源地”，在腹部超声、腔内超声、介入治疗超声等方面综合实力处于国内先进水平。该科为上海市超声医学培训中心，上海交通大学医学院重点学科，上海市介入影像学重点学科，上海超声医学研究所依托科室。