复旦大学附属华山医院擅长皮肤科、神经内科、感染内科、神经外科、康复医学科，这5个科室均具为国家临床重点学科，科室专业技术过硬、设备配置先进、治疗水平居国际领先行列。
1、皮肤科
已连续五年位居中国医院最佳皮肤科专科排行榜榜首，入选卫生部临床重点专科和上海市“重中之重”临床重点学科，是上海市皮肤科临床质量控制中心和上海市激光治疗质量控制中心挂靠单位。科室病例数之多、病种之广在国内是首屈一指，在国际上亦属罕见，收治各地各种疑难杂症和危重病人。
2、神经内科
是上海市医学领先专业重点学科、WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科、卫生部临床重点专科，是复旦大学附属华山医院的特色学科之一。除各类特需、特色、疑难病门诊以外，还设有各种近14种神经科专病门诊，疾病诊治覆盖全面。
3、感染内科
为国家教委首批重点学科，科室收治的经典传染病以及其他各项感染的病人之多、病种之丰富在全国综合医院的感染病科中位列前茅，在病毒性肝炎相关肝病的个体化与优化治疗、中枢神经系统感染诊治、不明原因发热和新发感染性疾病的诊治、深部真菌病的诊治等方面的实力雄厚。
4、神经外科
先后评为国家重点学科、卫生部重点建设临床学科、上海市领先学科等，为国内主要的神经外科中心，迄今为止共施行了逾10万例脑外科手术，在神经外科的临床医疗、科研和教学等方面始终处于国内外先进水平。
5、康复医学科
是国内综合医院中第一批建立的康复医学专科之一。科室成立之初，断指再植后康复、关节功能牵引的基础与临床、等速肌力测试与训练技术等便在国内处于领先地位。目前，科室将现代康复治疗与中国传统治疗相结合，主要开展以骨关节系统疾病和神经系统伤病为主的综合性康复医疗工作。
除上述科室外，医院的检验医学科、肾病科、结核病科、放射科也具有较强的专业实力，科室内设备先进，诊治经验丰富，患者可根据自身情况选择合适的科室就诊。