复旦大学附属眼耳鼻喉科医院擅长耳鼻喉科、眼科、变态反应科、眼耳鼻整形外科、病理科。科室诊疗水平高超，填补了医院及国内专业领域多项技术空白。
1、耳鼻喉科
是全球规模最大的耳鼻咽喉头颈外科疾病诊疗和科研中心之一，连续多年在全国耳鼻咽喉科专科排名（复旦版）和国家卫计委国家临床重点专科排名中位列第一。在听觉言语疾病、耳神经颅底外科、耳显微外科、耳整复外科、内镜和鼻颅底外科以及气道异物和咽喉、嗓音疾病的诊治方面处于国内领先、国际先进水平。
2、眼科
是国家教育部重点学科、国家临床重点专科，其医疗和科研水平在国内处于领先。目前科室已经发展成为集医疗、教学、科研和防盲治盲于一体的重要机构。科室下设白内障与晶状体疾病、玻璃体视网膜疾病等七个三级学科均衡发展，均达到国内领先水平，可比肩国际同类诊治水平。
3、变态反应科
在各亚学科相关疾病的诊治水平上处于国内领先、国际先进水平。广泛开展国内外学术合作和专题研讨，力图探索出一系列适用于中国患者的免疫治疗和外科治疗体系，提升过敏性鼻部疾病的诊疗水平，服务于全国各地的广大患者。
4、眼耳鼻整形外科
是在医院国家重点学科眼科和耳鼻喉科基础上成立的新兴交叉学科，在重睑、上睑下垂美容矫正、眼周年轻化、义眼修复等开展大量创新性治疗。形成了特色鲜明、技术独特的发展方向和路径。多维度打造全国领先、国际知名的专科化整形中心。
5、病理科
科室技术力量雄厚，诊断经验丰富，科室专家分别担任中华医学会病理学分会头颈组顾问、头颈学组委员，目前已经开展以及即将实施的分子遗传学项目包括荧光原位杂交、头颈组织人乳头状瘤病毒检测、基因突变检测等，为其他各地医院提供了疑难病理远程会诊便利，推动个体化治疗的发展和进步。
