上海交通大学医学院附属仁济医院擅长消化病科、风湿免疫科、泌尿外科、不孕不育科、变态反应科疾病的治疗，这5个科室均为国家重点专科，拥有先进的诊疗技术。
1、消化病科
是国家重点学科牵头单位、国家临床重点专科、国家重点学科、上海市“重中之重”临床医学中心（A类），在复旦专业排行榜中位列第一，可独立诊治数十种消化系统疾病，诊疗技术处于领先地位。
2、风湿免疫科
是国内最早的风湿病学科之一，在国内外均具有重要的影响力，学科大大提高了风湿性疾病患者的生存率，生活质量得到了极大的提高，连续5年为国内门诊量最大的风湿病专科。学科综合实力强，辐射面广，医疗技术水平高，其中系统性红斑狼疮的诊治水平已走在国际领先行列。
3、泌尿外科
是上海市重点发展临床诊疗中心，科室以疾病为中心，以亚专业为单位，以术业专精的优秀青年医师为人才优势。重点推动学科专病诊治体系建设，注重学科发展的专业化、精细化、信息化和国际化。
4、不孕不育科
是国内首家通过DNV GL&RTAC辅助生殖专项国际认证的中心。中心目前开展涵盖所有不孕不育诊疗技术项目，包括体外受精-胚胎移植、卵胞浆内单精子注射、供精和人工授精等。
5、变态反应科
是上海及华东地区三甲医院中最早成立的以过敏性疾病诊治与研究为一体的机构。除采用常规的皮肤点刺试验、皮内试验外，还自主开发了多项检测过敏反应的试剂盒，是国内最早引进国际最先进过敏原全自动检测系统（UniCAP系统）的单位之一。
该医院所擅长的科室还有麻醉医学科、核医学科，麻醉医学科承担上海市超过四成的高危妊娠麻醉与急救工作，特别是合并心脏病的产妇，处理经验丰富。核医学科具有高水平的临床转化医学研究平台和强大的临床研究工作条件。
