小肠绒毛位于小肠壁黏膜表面，为细小的绒毛结构，小肠绒毛是由上皮和固有层向肠腔突起而成，长0.5-1.5mm，形状不一，以十二指肠和空肠头段最为发达。绒毛在十二指肠呈宽大的叶状，在空肠如长指状，在回肠则为短的锥形。皱襞和肠绒毛使小肠内表面积扩大约30倍。绒毛根部的上皮和下方固有层中的小肠腺上皮相连续，使小肠腺直接开口于肠腔。

小肠绒毛根部与小肠腺上皮相连，小肠腺可直接开口于肠腔，可分泌中性糖蛋白及碳酸氢盐，对黏膜有保护和润滑作用。固有层是绒毛的中轴，由细密的结缔组织构成，其中含有较多的淋巴细胞、浆细胞、巨噬细胞、嗜酸性粒细胞等，并有丰富的毛细血管，以利于氨基酸和葡萄糖的吸收。在绒毛中央可见中央乳糜管，可收集运送上皮细胞吸收进来的脂肪。