小肠绒毛破损其实是小肠黏膜损伤的表现，小肠黏膜损伤究其原因还是要看患者的病因是什么，才能够再进一步地治疗：
1、药物损伤：如果是恩赛类的药物引起的，应该如果有可能可以停恩赛的药物，最好选择对胃黏膜损伤小的药物。如果是阿司匹林引起的，很多患者阿司匹林可能停不了，这个时候要适当的加修复小肠黏膜的药物，比如谷氨酰胺，但是效果可能也是有限的。
2、炎症性肠病：如克隆氏病、白塞病，这类的疾病治疗起来就比较困难，可能会用到激素还有5-氨基水杨酸，甚至生物制剂；
3、免疫系统疾病：也会伴有小肠的损害，这些根本原因就是要 对因治疗，对于非特异性的，没有什么原因的小肠黏膜的损伤，可以试点修复黏膜的像谷氨酰胺，还可以试着给一点调节肠道菌群的益生菌的药物，建议患者随诊，定期的随访、复查。