上海徐汇区有复旦大学附属中山医院、复旦大学附属肿瘤医院、上海市第六人民医院等，都是上海市三级甲等医院，其中复旦大学附属中山医院、复旦大学附属肿瘤医院分别位于复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》第6名、第28名。 复旦大学附属中山医院的心脏、肝癌、肾脏和肺部疾病诊治是医院的重点和特色，诊治水平始终处于国内领先地位，其中心血管病和肝肿瘤是上海市临床医学中心。复旦大学附属肿瘤医院是我国成立最早的，集医、教、研、防为一体的三级甲等肿瘤专科医院，拥有国家临床重点专科4个、卫生部临床重点学科3个、上海市临床医学中心3个。 上海市第六人民医院在复旦大学医院管理研究所发布的2019年度最佳医院排行榜中，骨科位列第2名，内分泌代谢科第6名，耳鼻咽喉头颈外科第7名，超声医学科第8名，历年来获得国家级、省部级、局级科研成果奖291项。