北京治疗头疼比较好的医院是北京协和医院、北京天坛医院、首都医科大学宣武医院等，头痛主要就诊于神经内科，这三家医院神经内科在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》中分别位居第1、2、4名。 北京协和医院神经科，现已成为全国久负盛名的神经专科，是国内最早的神经病学专业博士、硕士学位授予点及博士后工作站之一，在处理和解决疑难杂症和重症方面处于国内领先地位。 北京天坛医院神经病学中心是全国规模最大、学科建设最为齐全的学科之一，是教育部国家重点学科、卫计委国家临床重点专科、科技部脑血管病防治研究创新团队、国家神经系统疾病医疗质量控制中心、科技部国家神经系统疾病临床医学研究中心，入选国家卫计委疑难病症诊治能力提升工程。 首都医科大学宣武医院神经内科为北京市重点学科、国家级神经病学重点学科，现已发展成为国内一流的神经内科，是全国的神经病学医疗、教学和科研中心之一。除此之外，比较推荐的有中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、北京大学第三医院等，这些医院拥有先进的医疗、教学和科研平台，临床经验十分丰富，专业技术处于内领先水平。