全国肛瘘医院排名第一的是上海交通大学医学院附属瑞金医院、浙江大学医学院附属第一医院、北京协和医院等。 上海交通大学医学院附属瑞金医院在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》中肛肠外科排名第5，肛肠外科是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出，尤其在肛瘘方面颇具特色。 浙江大学医学院附属第一医院在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》中肛肠外科排名第7，结直肠外科是浙江内最大且在国内具有相当影响力的专科，肛周疾病及便秘等良性疾病手术1300余例，每年肠镜检查及治疗超1万例次；共有5个病区，床位近200张。 北京协和医院基本外科在我国医学史上有着辉煌的业绩，涌现出很多全国甚至国际闻名的医学专家，在国内最早细化建立专业组，包括胰腺、胆道、胃肠、血管、乳腺、肝脏、外科营养、重症及相关临床专业实验室，在肛瘘的治疗方面经验丰富。