上海新生儿科医院排名靠前的有复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属新华医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心等。 复旦大学附属儿科医院新生儿科是国家临床重点专科、上海市医学重点学科、上海市危重新生儿会诊抢救中心。科室设有重症监护病房、早产儿病房和足月儿病房，对新生儿常见病、多发病的诊治有丰富的经验。 上海交通大学医学院附属新华医院新生儿科是国内最早建立NICU的单位之一，是国家重点学科、国家“双一流”建设学科、国家新生儿围产医学专科医生培训基地、中华医学会围产医学分会主委单位和上海市危重新生儿会诊抢救中心。科室擅长重症畸形（包括先天性心脏病）、胎儿宫内转运、先天性遗传代谢性疾病、支气管肺发育不良、早产儿视网膜病等的诊治。 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心新生儿科已成为上海主要的新生儿疾病诊治中心之一，担负区域内、上海并辐射周边省市的危重新生儿的转运和救治工作。病种涵盖新生儿危重疑难病例、早产儿和先天性疾病和畸形等，尤其在危重复杂新生儿先心病的多学科合作救治上具有特色。