治疗腱鞘囊肿比较好的医院是北京积水潭医院、中国人民解放军总医院、上海市第六人民医院，这几家医院骨科分别位于复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第一名、第二名、第三名。 北京积水潭医院是以骨科、烧伤科为重点学科的三级甲等综合医院，是北京市创伤骨科研究所、北京市创伤烧伤抢救中心，骨科包含创伤骨科、手外科、运动医学、脊柱外科、足踝外科、小儿骨科、矫形骨科、骨肿瘤科等8个专科。 中国人民解放军总医院的骨科是国家重点学科、国家重点专科、全军2110工程重点建设学科、全军最大的骨科专科中心、北京市重点实验室，还是全国唯一的骨科与运动康复临床医学研究中心、全军军事训练伤防治研究中心。 上海市第六人民医院国内领先的特色学科项目包括断肢再植，手指再造、手再造、皮瓣及组合皮瓣等显微外科技术，股骨头缺血坏死治疗，骨盆及髋臼骨折的内固定治疗，关节镜下韧带重建术，人工关节置换等。