北京治疗性功能障碍比较好的三甲医院有中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、北京协和医院等，治疗性功能障碍可以就诊于男科或者泌尿外科。 中国人民解放军总医院泌尿外科由第一医学中心（解放军总医院本部）、第三医学中心（原武警总医院），第四医学中心（原解放军第304医院），第五医学中心（原解放军第307医院），第六医学中心（原海军总医院），第七医学中心（原陆军总医院），第八医学中心（原解放军第309医院）七个中心组成。现已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心。 北京大学第一医院泌尿外科暨北京大学泌尿外科研究所是新中国泌尿外科事业的发源地和先行者。本学科一直为高教部、教育部国家重点学科，也是北京大学第一医院重点支持的学科和中央保健基地的组成部分。 北京协和医院泌尿外科，现已建设成为国内一流的具有肾上腺外科、泌尿微创外科、肾移植、泌尿男生殖系肿瘤、尿路结石、普通泌尿外科、男科学等专业领域的科室。