上海儿童内分泌科好的医院是复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海交通大学医学院附属新华医院。 其中复旦大学附属儿科医院的内分泌遗传代谢科诊治病种几乎涵盖所有内分泌遗传代谢疾病，并在儿童糖尿病、新生儿糖尿病、儿童矮小症、性早熟、肥胖症、低血糖、甲状腺疾病、先天性肾上腺皮质增生症等疾病的治疗方面取得了丰富的经验，是国内少数几个具备多方位诊治技术和能力的单位之一。 上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心内分泌遗传代谢科始建于1998年，在儿童矮小症、性早熟、性腺发育不良、先天性肾上腺皮质增生症、糖尿病、肥胖、代谢综合征、甲状腺疾病、骨代谢异常、努南综合征、特纳综合征等疾病的治疗方面有丰富经验；对尿崩症、多种垂体激素缺乏症、性发育异常、各类小分子及细胞器遗传代谢病领域等疾病的诊治日趋成熟。 上海交通大学医学院附属新华医院的上海市儿科医学研究所是经上海市委组织部批准成立，是一所以出生缺陷早期诊断、治疗和预防为研究重点，兼有医疗与教学的医学专业性研究机构。