全国内分泌科医院排名靠前的医院有上海交通大学医学院附属瑞金医院、北京协和医院、中国人民解放军总医院等，均为复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》上内分泌科排名前三的医院。 其中上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌代谢病专业是国家重点建设学科、国家卫生部内分泌代谢病重点实验室、国家药品和食品监督管理局药品临床试验基地、上海市内分泌代谢病临床质控中心，也是国内最主要的内分泌代谢专业医师进修基地之一，学科为国内最主要的内分泌代谢研究中心之一，且在许多方面形成自己的特色，与国际先进水平同步发展。北京协和医院内分泌科是国家重点学科，科室始终保持全方位的研究方向，是全国内分泌学科中最完整、最全面的科室。中国人民解放军总医院第一医学中心内分泌科，现有2个专科病房、内分泌科实验室、内分泌专科门诊和糖尿病教育中心，科室获队科技进步二等奖3项，省部级科技进步奖4项。其他榜上有名的医院有中南大学湘雅二医院、中国医科大学附属第一医院等。