上海浦东新区三甲医院有上海交通大学医学院附属仁济医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海市第一妇婴保健院等。上海交通大学医学院附属仁济医院在复旦版榜中位列全国第十五名。上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心拥有6个国家重点学科，全国排名第71。上海市第一妇婴保健院是我国最早成立的省市级妇幼保健院之一。
第一名：上海交通大学医学院附属仁济医院
上海交通大学医学院附属仁济医院是上海开埠后第一所西医医院，是一个学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。医院在2019年度医院综合实力排名榜（复旦版）中位列全国第十五名，在全国医院专科声誉排名中，医院消化内科排第二，风湿免疫科排第三，其余多学科均获提名，处于国内领先地位，部分领域达国际先进水平。
第二名：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心
上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心，拥有6个国家重点学科、国家临床重点专科，设有国家卫健委儿童血液肿瘤重点实验室、上海市临床分子诊断重点实验室、上海市罕见病临床研究中心、上海市小儿心血管病研究所等一批省部级重点实验室、研究所及上海交通大学儿童医学中心儿科临床医学院。同时，医院与十多个国家的三十多个国际顶尖医疗机构建立了姐妹合作关系。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第71。
第三名：上海市第一妇婴保健院
上海市第一妇婴保健院是我国最早成立的省市级妇幼保健院之一。医院设有产科、妇科、新生儿科、胎儿医学科等临床和医技科室。在围产保健、产前诊断、疑难孕产妇诊治、早产儿救治、不孕不育诊治、肿瘤妇科、妇科微创、妇科泌尿和盆底重建诊疗领域处于先进水平。
第四名：上海市东方医院
上海市东方医院始，是一所集医疗、教学、科研于一体的三级甲等现代化综合性医院，2015年2月，被中央文明委授予“全国文明单位”荣誉称号。医院有现有国家、上海市重点学科（专科）10个，在心力衰竭、急诊创伤、心脏外科、口腔种植修复、心血管内科、胆石微创、骨科、肿瘤综合诊治、脑血管病、全科医学等学科领域特色明显。
第五名：上海中医药大学附属曙光医院东院
上海中医药大学附属曙光医院是三级甲等综合性中医院，现拥有国家教育部重点学科3个：中医骨伤科学、中医内科学、中药学（中药制剂、中药临床药理）。国家中医药管理局重点学科9个，卫健委临床重点专科6个，中管局重点专科14个。中医急诊科是国家中医药管理局急诊基地，制剂室是全国中药制剂和剂改基地，神经内科是卫健委脑卒中防治基地。
第六名：上海市第七人民医院
上海市第七人民医院，是集医疗、科研、教学为一体、康复、健康管理为特色的三级甲等中西医结合医院，4次被评为卫生部先进集体，11次被评为上海市文明单位。医院设有临床科室32个，其中国家级重点学科1个，市级重点专科4个，区级重点专科11个，院级重点专科2个。医院开展各类中医特色服务项目100余项，年服务人次15万余人，各项业务指标年增长20﹪以上。
第七名：上海市浦东新区周浦医院
上海市浦东新区周浦医院是上海市首批区域性医疗中心，是国家药物临床试验机构、上海市住院医师规范化培训基地和浦东新区临床技能培训基地。医院现有4个上海市医学重点专科——心内科、创伤骨科、内分泌科和临床药学；上海市重点实验室——老年退行性疾病预防与康复重点实验室；浦东新区高原学科1个、特色学科1个、7个浦东新区重点学科/专科——呼吸科、妇产科、皮肤科、神经内科、中医科、肿瘤血液科和放射科。
第八名：浦东新区人民医院
浦东新区人民医院是国家药物临床试验机构、国家住院医师规范化培训基地（全科）、上海市住院医师规范化培训基地和上海市助理全科医生规范化培训医院。该院拥有市、区重点学科群、学科及专科28个。中医科为上海市重点学科，肛肠外科、药剂科、急诊科是上海市重点专科，急诊科为浦东新区临床高原学科，神经内科为浦东新区临床特色学科，慢性肾衰为浦东新区中医重点专病。
第九名：复旦大学附属浦东医院
复旦大学附属浦东医院是国际紧急救援中心网络医院，红十字冠名医院，每年手术超万例，拥有德国Simens1.5双梯度核磁共振、美国GE64排螺旋ＣＴ、日本Toshiba数字C臂心血管造影机（DSA）等先进医疗设备。该院血管外科为上海市医学重点专科，骨科、消化内科、胸外科、肾内科、神经内科等为复旦大学“985”工程医院优势学科建设项目。
第十名：上海市浦东新区公利医院
上海市浦东新区公利医院是上海市首批区域性医疗中心，浦东新区金桥医联体党建联盟牵头单位。医院泌尿外科、神经内科、临床药学和耳鼻咽喉科为上海市医学重点专科，中医妇科为上海市中医特色专科；炎症与慢病管理人工智能实验室为上海市卫健委重点实验室；泌尿外科、消化内科是浦东新区临床高峰学科，骨科、耳鼻咽喉科、急诊科是浦东新区临床特色学科，入选浦东新区各类重点学科22个，覆盖比例达到全院临床医技科室80%。