上海交通大学医学院附属瑞金医院擅长烧伤整形科、内分泌科、血液内科、传染感染科、呼吸科，科室专业技术过硬、设备配置先进，患者可自行选择合适的科室就诊。
1、烧伤整形科
科室创立以瑞金烧伤补液公式、混核移植方法、冬眠疗法等为特色的大面积烧伤救治方法，被誉为“中国方法”。成功救治三度烧伤面积90%以上病人6例（1例烧伤总面积达100%，III度94%），居世界领先水平，已成为以大面积烧伤救治为特色的烧伤中心。
2、内分泌科
是国家重点建设学科，国内最主要的内分泌代谢专业医师进修基地之一。同时也是国内最主要的内分泌代谢研究中心之一，且在许多方面形成自己的特色，与国际先进水平同步发展。
3、血液内科
获复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》第三名。学科是国内最具国际影响力的血液疾病综合诊治中心，引领我国血液系统疾病诊疗体系建设及血液学科医疗、教学、科研工作。
4、传染感染科
目前科室除继续保持了在重症肝炎研究领域的领先优势外，在病毒变异研究、病毒性疾病分子诊断、慢性乙型、丙型病毒性肝炎抗病毒治疗的优化及耐药检测等研究方面都居于全国领先地位。
5、呼吸科
为国家临床重点专科，先后开展了内科胸腔镜、EBUS等前沿技术，同时拥有丰富的专家资源，并参与制订哮喘、慢性咳嗽、COPD、睡眠呼吸疾病和社区获得性肺炎等诊疗指南和共识，科室临床领域的成绩得到了同行和社会的广泛认可。
除上述科室外，医院还擅长放射科、肾脏科、风湿免疫科、麻醉科、皮肤科、普通外科、神经内科、心血管内科、检验科、胸外科、核医学科、急诊医学科、重症医学科相关疾病的诊治。上述科室拥有高超的诊疗技术，为患者就医提供可靠基础和保障。