上海市精神卫生中心擅长精神科、心理咨询科、小儿精神科、成瘾医学科、传染科。这5个科室具有临床病种齐全、人才队伍完整、医教研全面发展的特点，患者可自行选择科室就诊。
1、精神科
在复旦专科声誉排行榜中位于第二，是上海市疾病预防控制精神卫生分中心、上海市精神卫生临床质量控制中心。在国家“十五”攻关项目负责人方贻儒教授带领下，一批在临床与科研等方面具有丰富经验和卓越能力的主任医师、副主任医师及高年资主治医生担纲日常医疗任务，现成为国际高水平学科之一。
2、心理咨询科
是全国知名的特色心理病房和心理治疗的教学培训基地。学科带头人肖泽萍教授和张海音教授承担了多项国家级及国际合作项目，对各种心理疾病的病理机制与综合治疗模式进行了大量开创性的研究与实践，使本病房在临床心理学领域处于全国领先水平。
3、小儿精神科
是上海市精神卫生中心重点学科，科室医疗特色为儿童和青少年精神疾病、心理卫生问题的医疗、教学、科研和训练，部分疾病的研究已达到国内先进水平。
4、成瘾医学科
在国内率先开展了司法鉴定的量化评估、暴力行为预测和干预、青少年暴力行为的早期识别和干预、精神卫生相关规范与立法等研究，并在这些领域保持着国内领先水平。近年来，又在精神活性物质依赖的心理渴求、复吸预防、手术治疗、心理社会康复方面进行了大量研究和探索，在国内外产生了重要影响。
5、传染科
是上海市精神卫生中心唯一专门收治各类精神障碍同时伴有病毒性肝炎患者的特色科室，是上海市精神卫生领域内唯一的开展肺结核病医疗、教育和科研的特色病区，在上海及周边乃至全国相关地区专科领域也享有较高的声誉。