万州三甲医院有重庆三峡中心医院、重庆三峡中心医院、重庆三峡中心医院儿童分院等多家。重庆三峡中心医院在艾力彼全国省单医院100强中排名第5位、15个专业跻身专科排行榜前10强。重庆三峡中心医院在整形美容在渝东北片区具有较强的辐射力和影响力。重庆三峡中心医院儿童分院，多个学科在渝东北区域处于领先地位。
第一名：重庆三峡中心医院
重庆三峡中心医院是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的、全国医学学科设置最为齐全的大型综合性三级甲等医院，系全国文化医院建设的引领者、全国医院集团化发展的先行者。在艾力彼全国省单医院100强中排名第5位、15个专业跻身专科排行榜前10强。拥有国家自然科学基金项目5个、国家863计划参与项目1个，国家名中医工作室2个、国家健康管理学科建设与科技创新中心1个等。
第二名：重庆三峡中心医院百安分院
重庆三峡中心医院百安分院是一所以肢体康复为主的综合型医院。康复医学科2011年获得重庆市首批省级重点学科，2012年创建“重庆三峡康复研究中心”。疼痛科是重庆市疼痛诊疗中心之一，也是万州区特色专科，整形美容/创面修复烧伤专业在渝东北片区具有较强的辐射力和影响力。
第三名：重庆三峡中心医院儿童分院
重庆三峡中心医院儿童分院门诊及辅助检查科室设置齐备，多个学科在渝东北区域处于领先地位：妇产科、儿内科为重庆市临床重点专科；儿科学为重庆市区域重点学科建设项目；儿童急重症为重庆市首批特色医学专科；儿童康复科为重庆市康复医学重点学科的儿童组成部分；妇科、儿内科及新生儿科为万州区医学重点学科。
第四名：重庆大学附属三峡医院
重庆大学附属三峡医院是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的、全国医学学科设置最为齐全的大型综合性三级甲等医院，系全国文化医院建设的引领者。学科优势拥有国家自然科学基金项目7个、国家863计划参与项目1个、国家脑防委脑卒中二级预防诊疗优化项目1个、教育部十三五规划严重创伤区域性救治体系建设项目1个、国家临床重点专科建设项目1个、市级医学重点学科及建设、培育项目5个等。
第五名：万州区中西结合医院
万州区中西结合医院设备先进，随着现代化仪器设备和先进技术的引进运用，拓展了中医药学的研究范围，为开展中医药研究提供了支撑平台，为中医特色优势的继承、创新及发展提供了保障。医院国家级重点专科肾病科、国家级特色专科脑病中风科、重庆市级中医特色专科耳鼻喉科和针灸康复科，中西医结合特色突出，疗效确切，享有良好声誉。医院中草药品种齐全，质量优良，价格低廉。
第六名：重庆三峡医药高等专科学校附属中医院
重庆三峡医药高等专科学校附属中医院为市卫生健康委直属事业单位，增加履行重庆三峡医药高等专科学校附属中医院职能，系一所集医疗、教学、科研、预防、康复、保健等为一体的中医医院。设有21个病区和31个中医特色专科门诊，拥有骨伤、康复、肾病3个国家级中医重点专科，针灸、肛肠等7个市级中医重点专科，正在建设骨伤科学、肾病学两个市级中医药重点学科。
