重庆医科大学附属儿童医院擅长小儿内科、小儿普外科、精神科、新生儿科、神经外科。上述科室在治疗的先进性、全面性、多样性等多方面位居国内前列。
1、小儿内科
复旦专科声誉榜中位列第三，科室配套核医学科、临检中心、分子医学中心、双能X线骨密度、放射科及超声检验和检查平台，技术实力雄厚，为常见和疑难罕见疾病患儿提供高质量的诊疗服务。
2、小儿普外科
获国家临床重点专科建设项目，在医疗、教学、科研方面是国内领先的专科。小儿普外科医疗特色技术包括肛肠外科相关疾病、新生儿外科相关疾病、脉管瘤/脉管畸形相关疾病等，微创手术疾病范围涵盖了可以开展微创手术的所有病种。
3、精神科
是西南地区最早成立的儿童心理专科门诊，目前咨询门诊量1000人次/月左右，是重庆市乃至西南地区儿童心理行为问题诊断治疗的主要场所。诊疗技术及诊疗量都居国内相同专业的领先水平。
4、新生儿科
为国家级临床重点专科，年住院病人10000余人次，专科门急诊近10万人次，120转运危重新生儿2500余人次，是整体规模全国领先的新生儿诊疗中心。拥有国内最先进的危重新生儿转运及抢救设备，在新生儿内科疾病、危重症、超小早产儿综合救治及新生儿外科围手术期监护方面具有丰富的临床经验。
5、神经外科
是全国成立最早的儿童神经外科之一。经过多年的发展，目前已成为具有一定规模、技术力量雄厚、设备优良的儿童神经外科疾病诊治中心，规模及诊治水平在国内儿童医院中位居前列。现为中华医学会神经外科学分会小儿神经外科学组副组长单位。
