陆军军医大学新桥医院擅长骨科、内分泌科、消化内科、心血管外科、血液内科。科室治疗病种齐全、范围广泛。在治疗的先进性、全面性、多样性等方面的综合实力位居国内前列。
1、骨科
为国家重点学科、中国人民解放军腰椎退行性疾病微创治疗中心。现已发展成为集医、教、研、战为一体的综合性一流研究型学科。科室以脊柱及关节、创伤疾病的基础研究及临床诊疗为主要特色，以微创脊柱外科技术为重点研究方向，微创脊柱外科技术居国际先进、国内领先水平。
2、内分泌科
是集医疗、教学、科研为一体的内分泌代谢病专科。现已发展成为西部地区临床规模最大的内分泌及代谢性疾病诊治中心之一。内分泌科实验室是重庆市高校重点实验室，科研团队为重庆市高校创新研究群体。
3、消化内科
是集医疗、教学、科研和军事卫勤保障于一体的临床主干学科，目前是国家重点培育学科、重庆市消化内科学临床医学研究中心。科室以消化道肿瘤的基础与临床、重症急性胰腺炎的临床救治、消化系疾病的内镜下微创治疗为主要研究方向，科研实力强劲。
4、心血管外科
是国内最早建立的胸心外科专科之一，为中国胸心血管外科的创立和早期发展做出了重要贡献。科室日最大心脏手术台次接近30台，年心脏手术突破3000台次，医疗规模进入国内综合医院心外科前列。
5、血液内科
科室下设白血病、淋巴肿瘤、干细胞与生物治疗3个临床亚专科，血液与干细胞医学、血液病智能诊断2个实验室，学科疾病谱范围广，年完成造血干细胞移植300余例，居西部第一，全国前列。
