重庆医科大学附属第一医院擅长感染内科、耳鼻喉科、精神科、内分泌科、神经外科。这5个学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，为诊疗提供可靠基础和保障。
1、感染内科
现已成为具有较大影响力及重要学术地位的全国知名学科，是我国传染病学（感染病学）临床、教学、科研及人才培养的重要基地。是首批传染病学国家重点学科（全国仅2个），病毒性肝炎、脂肪肝和各种其他肝病的诊治能力居国内一流水平。
2、耳鼻喉科
是西南地区最早成立的诊治耳鼻咽喉科疾病的特色专科之一，目前已成为高端人才荟萃、技术实力雄厚、设备设施一流，集医疗、教学、科研为一体的综合性优势学科，年门诊量＞10万，年均手术量近4000余台次。
3、精神科
是重庆市高等医药院校附属医院和市属所有综合医院中唯一设置有住院部的、功能齐全的精神、心理专科。科室的科研及临床诊疗技术水平在重庆市及整个西部地区均处于领先水平，尤其在儿童青少年情绪障碍、自杀及危机干预、睡眠障碍、精神疾病遗传及物质依赖等方面的研究已达到国内先进水平。
4、内分泌科
是重庆市内分泌领域的唯一的国家级重点专科，科室在糖尿病、垂体/肾上腺疾病、甲状腺疾病、代谢性骨病等诊治和科研处于国内一流水平。科室立足重庆，辐射西部、引领长江上游地区内分泌代谢病诊疗发展。
5、神经外科
是西南地区最早建成的神经外科之一，现已发展出脑脊髓血管疾病、神经肿瘤、脊髓脊柱、功能神经外科、神经重症、颅脑损伤6个亚专业，已成为集医疗、科研、教学为一体的综合性学科，整体实力和医疗水平达到国内先进水平，名列西南前茅。
