上海医院排名前十的是上海瑞金医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院、上海仁济医院、上海第九人民医院等。其中，上海瑞金医院已连续三年荣获国家公立医院绩效考核A++等级，是国家首批公立医院高质量发展试点医院之一，并在复旦版榜上名列第四。复旦大学附属中山医院在全国三级公立医院绩效考核中，位列2020年度全国第一，2021年度全国第二，连续4年获得最高评级“A++”。复旦大学附属华山医院是至今为止全国唯一一家同时承建三个国家级医学中心的公立医院，全国排名第八。
1、上海交通大学医学院附属瑞金医院
该医院是一所三级甲等大型综合性教学医院，连续三年获国家公立医院绩效考核A++等级。是首批国家公立医院高质量发展试点医院、现代医院管理制度试点医院。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、医疗设备达国际先进水平，并完成了国内首例同种异体心脏移植和首例同种异体肝脏移植。位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第4名。
2、复旦大学附属中山医院
该医院是中国最早的大型综合性医院之一，位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第5名。学科综合实力出众，临床能力处于国内顶尖、世界先进水平。医院拥有多个高质量的特色学科群，积极开展科技创新，成功完成了亚洲首例机器人辅助活体肝脏移植和世界首例聚合物瓣膜经皮主动脉瓣置换术等尖端技术。
3、复旦大学附属华山医院
该医院是国家卫生健康委委属医院，是国内最着名、最具国际化特色的医教研中心之一。拥有多个重点学科和实验室，科研工作成绩突出，2016年成为全国最高级别的科研平台-国家老年疾病临床医学研究中心，声誉辐射全国，现为10国领事馆指定医疗机构，同时位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第8名。
4、上海交通大学医学院附属仁济医院
该医院是上海开埠后第一所西医医院，是全国综合性三级甲等医院之一。在复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》中位列全国第17名，部分学科处于国内领先地位，部分领域达国际先进水平。在2021年全球医疗机构“自然指数”百强榜中论文相关指标位列全球排名第22名，处于全国第一。
5、上海交通大学医学院附属第九人民医院
该医院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院，现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院，承担着本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治。位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第23名。
6、复旦大学附属肿瘤医院
该医院是我国最早的集医、教、研、防为一体的三级甲等肿瘤专科医院。技术力量雄厚，位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第28名。同时在甲状腺癌、食道癌、胃癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌、卵巢癌8大病种的绩效排名第一，行业认可度和社会影响力不断增长，综合实力稳步提升。
7、上海市第六人民医院
该医院是一家历经百余年积淀的大型三级甲等综合医院。连续六届17年蝉联“全国文明单位”荣誉称号。在复旦大学医院管理研究所发布的《2021 年度中国医院综合排行榜》中，位列第32名。在中国医学科学院发布的中国医院科技影响力排行榜中，医院综合排名最高第26名。
8、上海长海医院
该医院连续16届被评为“上海市文明单位”。拥有亚洲一流水平的门急诊大楼，全球最先进的达芬奇手术机器人系统，综合技术最先进的消化内镜诊疗中心，全球最先进的立体定向放射治疗设备。自主研发了国产室间隔缺损封堵器、世界上首创的“孙氏输尿管镜”、全球首台可定位遥控的胶囊内镜机器人，同时位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第39名。
9、上海市肺科医院
该医院是一家现代化三级甲等专科教学医院。主要诊疗特色为肺癌综合治疗、疑难肺部疾病诊治等，连年跻身复旦医院管理研究所全国医院排行榜与中国医院科技量值排行榜双百强，位列《2021 年度中国医院综合排行榜》第42名。
10、复旦大学附属儿科医院
该医院是中国卫生健康委预算管理单位、三级甲等医院，也是儿科学重点学科、国家“211”、“985”和“双一流”工程建设单位。在医院科技量值排行榜、最佳专科声誉排行榜和临床学科排行榜中，儿科学均位居前列，医院位列复旦版 《2021 年度中国医院综合排行榜》第47名。