上海市公共卫生临床中心擅长感染科、神经外科、结核科、肝病科、内分泌科。学科高端人才荟萃、技术实力雄厚、设备设施一流，患者可根据个人情况就诊。
1、感染科
是上海市公共卫生临床中心重点建设科室，在出色的完成了传染性疾病的防治任务之外，还在中枢神经系统感染、感染性发热等各类感染性疾病的临床和科研中取得突出成就。尤其是在中枢神经系统感染疾病诊治方面积累了丰富的临床经验，形成了一套科学严谨的诊断思路和个体化治疗方案。
2、神经外科
科室以特殊感染神经疾病的外科治疗、颅脑肿瘤和脑血管病的微创手术治疗、神经重症的精准化治疗为特色。开创性地开展了半椎板切除治疗高颈端脊髓肿瘤等技术。科室发表论文30余篇，SCI论文10余篇，获得专利3项，是上海市神经外科能力促进与提升专科联盟的成员单位。
3、结核科
是上海市结核病诊治定点三甲医院之一，也是上海市唯一的儿童结核病定点收治单位。
科室承担了上海市结核病诊治和管理的重要任务，具有系统完善的结核病诊治和管理方案，在危重症结核病及难治性结核病救治方面积累了丰富的临床经验。
4、肝病科
科室医疗特色明显，内设肝病临床中心，集肝病内科、肝胆外科血液净化等亚专科，是以专家团队为一体的多学科协作医疗单位，重症肝病、腹水回输、人工肝等肝病治疗为医疗特色。科室以国内外先进学术理念和丰富临床经验形成的精良医术赢得同行和患者的认可。
5、内分泌科
科室按照国内外内分泌科发展最新趋势，在上海建立第一家以大门诊小病房为特色的运行模式，侧重在慢性代谢疾病的信息化智能化管理和感染相关内分泌代谢疾病诊治，是集医教研功能一体的新型三甲医院内分泌科。
