南京十大医院排名第一的是南京医科大学第一附属医院，该医院在复旦版榜中排全国第22位，有4个专科进入全国排名前10，有13个专科获得声誉提名。另外，南京十大医院比较好的还有南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院，分别在复旦版榜中排全国第35位和第46位。
第一名：南京医科大学第一附属医院
南京医科大学第一附属医院是江苏省属三级甲等综合性医院，是国家住院医师规范化培训示范基地。在2019年度全国三级公立医院绩效考核中，居全国第21位；在复旦大学医院管理研究所发布的2020年度《中国最佳医院综合排行榜》中，列全国第22位，有4个专科进入全国排名前10，有13个专科获得声誉提名。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第22。
第二名：南京鼓楼医院
南京鼓楼医院是中国最早的西医院之一，是江苏区域现代医学的摇篮，现已发展成为学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术精湛、科研实力较强的大型综合性三级甲等医院，各项工作走在行业前列。医院在国家三级公立医院绩效考核中连续三年位列全国第一方阵，并入选全国公立医院高质量发展试点医院。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第35。
第三名：东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院是教育部直属的国家“双一流”A类、“985工程”、“211工程”重点建设大学附属医院，也是江苏省首批通过卫生部评审的综合性三级甲等医院。拥有国家临床重点专科、江苏省重点学科等，先后荣获国家临床教学示范中心、江苏省“文明单位”等荣誉称号。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第46。
第四名：东部战区总医院
南京军区总医院是一所综合性三级甲等医院。拥有国家重点学科、国家（全军）临床药理基地、全军器官移植及肾脏病重点实验室、全军“重中之重”学科等。整体医疗技术水平较高，尤其是在心肺脑复苏、肾小球疾病、小肠移植等方面，均取得了显着成效。
第五名：南京市第一医院
南京市第一医院是原卫生部首批三级甲等综合性医院，是国家高级卒中中心、国家药物临床试验机构、国家首批心脏移植准入医院、国家首批工伤康复试点机构。医院科室设置完善，医疗水平精湛，先后获得“全国文明单位”“中国医学科学抗疫先进医疗队”等荣誉称号。
第六名：南京脑科医院
南京脑科医院是我国最早的国立脑医学专科医院，为国家精神区域医疗中心创建单位。医院整体实力位于全国前列，其中精神科为首批国家临床重点专科，精神科及亚专科门诊量居全国第二位。在2021年度公布的复旦版医院专科排行中，精神医学连续12年位居专科声誉和专科综合排行榜全国第6位。
第七名：南京市第二医院
南京市第二医院是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。设有心血管内科、感染病科、肝病科等科室，以精湛的医疗技术提供全面、优质的综合医疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省市。
第八名：江苏省中医院
江苏省中医院为全国首批成立的省级中医医院之一，首任院长叶橘泉为中科院学部委员。医院不断提高重危及疑难病症的诊治能力，加强中西医结合工作，综合实力显着增强，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的领先地位，现已成为全国着名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。
第九名：江苏省中西医结合医院
江苏省中西医结合医院是专业从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，同时还是全国重点中西医结合医院、国家药物临床试验机构。拥有国际国内领先的医疗设备，可常规开展脊柱微创治疗、心血管介入、冠脉搭桥等先进的诊疗技术。
第十名：南京医科大学附属江宁医院
南京医科大学附属江宁医院是一所三级甲等综合医院，是国家级心衰中心、房颤中心、高级卒中中心、中国高血压达标中心和国家级脑出血外科诊疗中心。配备了全国领先的先进医疗设备，拥有专业的技术人才，可为患者提供更加高效、精准的诊断和治疗。