东南大学附属中大医院擅长重症医学科、放射科、肾内科、精神科、风湿免疫科。科室专业技术过硬、设备配置先进、治疗水平居国际领先行列。
1、重症医学科
是全国成立最早的重症医学科之一，科室形成了以急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、休克、多器官功能障碍综合征(MODS)的诊治为核心的专科救治体系，具有鲜明学科特色，在国内同类学科中处于领先地位，目前已成为国内领先的重症医学诊疗和会诊中心。
2、放射科
为江苏省内唯一的影像学科国家重点临床专科，学科目前已形成了鲜明的技术特色与优势，以影像诊断学、介入放射学、分子影像学等为主要研究方向。先后入选江苏省政府“十一五”规划重点学科，“十二五”优势学科。
3、肾内科
是国内著名的肾脏病临床诊治、教学和科研中心。学科拥有国内设施一流的大型透析中心、独立先进的肾脏病理诊断中心和肾脏病临床和基础研究室。技术力量雄厚，具有开展各种疑难肾脏病临床诊治、肾脏病理学诊断及相关基础科学研究的优良条件。
4、精神科
是江苏省首家综合性医院设立的精神卫生专科。医院的睡眠监测室是南京地区首家设立睡眠监测室的心理精神专科，大大提高了各种原因引起的睡眠障碍的诊治水平。
5、风湿免疫科
已发展为学术梯队健全，治疗手段齐全，设施配套完善，在江苏省及华东地区具有较高知名度的风湿免疫病专科。科室近年来积极开展新技术、新疗法，在风湿免疫性疾病、变态反应性疾病的诊治上积累了丰富的临床经验，解决了众多临床疑难杂症问题，深受广大患者的信赖。
