南京鼓楼医院擅长骨科、精神科、麻醉医学科、内分泌科、神经内科，这5个科室均是集医疗、教学、科研为一体的国家、江苏省临床重点专科，具有丰富的诊疗经验。
1、骨科
是国家临床重点专科、江苏省十大临床医学中心，是江苏省体委指定的专业运动员创伤治疗中心。在脊柱畸形矫治、关节镜技术、关节置换术、骨创伤诊治方面拥有特色诊疗技术。
2、精神科
科室的科研及临床诊疗技术水平在江苏省及周边省市均处于领先水平，尤其在焦虑障碍、抑郁障碍、双相情感障碍、睡眠障碍、心身医学、精神疾病遗传及物质依赖等方面的研究达到国内先进水平。
3、麻醉医学科
是集医疗、教学、科研为一体的二级临床学科，是中华医学会麻醉学分会常委兼全国日间手术学组组长单位。在中国医院科技量值（STEM）麻醉学科排名中位居前列。
4、内分泌科
是卫生部国家临床重点专科，国家代谢性疾病临床医学研究中心分中心（省级中心），学科承担科研项目共107项，JCEM等专业杂志发表SCI论文及国内核心期刊论文300余篇，注重学科研究，科研实力强。
5、神经内科
是江苏省脑卒中救治联盟牵头单位；江苏省神经内科专业质控中心。急性缺血性卒中桥接治疗为科室特色技术，对于发病时间小于4.5小时的急性大血管闭塞性缺血性卒中患者，基于临床和CTA+CTP检查，选择血管内取栓治疗。目前血管开通成功率在90%以上，出血率控制在5%以下。