东部战区总医院擅长肾内科、呼吸内科、急诊科、病理科、放射科。科室专业技术过硬、设备配置先进、治疗水平居国内领先行列。
1、肾内科
国家肾脏疾病临床医学研究中心，是国内最早建立的肾脏病学科之一，是一所集医疗、教学、科研为一体的享誉国内外的国家级肾脏病诊疗中心，也是国家肾脏病临床重点专科、全军肾脏病研究所。
2、呼吸内科
现为国家呼吸临床研究中心核心单位。科室下设专科专病门诊，如肺癌多学科门诊、肺部小结节门诊、哮喘门诊、慢性阻塞性肺疾病门诊、间质性肺疾病门诊等，诊治范围广泛，对于疑难病例和危急重症患者可给出完善的诊疗方案。
3、急诊科
处在全国急诊学科第一方阵，军队和江苏省急诊学科排头兵位置。目前已形成以急危重症救治、心肺脑复苏、急性中毒救治、突发公共卫生事件应急处置等为特色的急诊医学中心和集医疗、教学、科研和卫勤保障于一体的综合性一级学科。
4、病理科
现已成为誉满全国，集病理诊断、教学和科研为一体的现代化综合性病理诊断中心。华东地区最佳病理科排行榜常年位列前五，在国内拥有较高的学术声誉及学科影响力。
5、放射科
为国家临床重点专科（军队建设项目单位），科室连续多年进入复旦大学医院管理研究所中国医院放射科专科声誉排行榜前10名，2021年全国排名第7。全科年度病人总量超过62万例次，系江苏省影像科室诊治病人数量最多的单位之一。
