杨浦区三甲医院有上海长海医院、上海市肺科医院、上海交通大学医学院附属新华医院等。
上海长海医院连续第16届被评为“上海市文明单位”，综合实力全国排名第39。上海市肺科医院连续获得“上海市文明单位”，行风政风测评成绩全市前茅，综合实力全国排名第42。上海交通大学医学院附属新华医院是全市三级医院中唯一一所同时拥有围产和完整儿科亚专业的综合性医院，为首批国家级儿童早期发展示范基地，综合实力全国排名第56。
第一名：上海长海医院
上海长海医院已经成为一所学科门类齐全医疗特色鲜明、综合实力强劲的现代化大型综合性医院，连续第16届被评为“上海市文明单位”，在上海市医疗行业“万人问卷调查”中连续6年位居上海市第一。现有国家临床医学研究中心1个，国家级重点学科15个，国家卫生部临床重点专科5个，全军医学专科研究所（中心）18个等，人才积淀丰厚。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第39。
第二名：上海市肺科医院
上海市肺科医院是一家集医疗、教学与科研功能为一体的现代化三级甲等专科教学医院，主要诊疗特色为肺癌综合治疗、疑难肺部疾病诊治、结核病防治、职业病防控及其他相关疾病的诊断和治疗。医院连续获得“上海市文明单位”，行风政风测评成绩全市前茅，连年跻身复旦医院管理研究所全国医院排行榜与中国医院科技量值排行榜双百强，位列2020年复旦榜41位，2021年科技量值榜63位。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第42。
第三名：上海交通大学医学院附属新华医院
上海交通大学医学院附属新华医院是全市三级医院中唯一一所同时拥有围产和完整儿科亚专业的综合性医院，为首批国家级儿童早期发展示范基地。医院普通外科、心脏大血管外科、小儿外科、急诊医学科、耳鼻咽喉头颈外科、皮肤科、检验科和临床药学等10个学科位列国家临床重点专科建设项目。在国内率先开展了白内障囊内冷冻摘除术、先天性巨结肠根治术、先天性多囊肾专项减压术、驼背脊柱侧弯矫治术等。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第56。
第四名：上海东方肝胆外科医院
东方肝胆外科医院是以肝胆外科为特色的三级甲等综合医院，现为国家重点学科，国家级继续医学教育基地，全军肝胆外科专科中心，全军肝胆外科研究所，国家教育部和全军重点实验室，军队“重中之重”建设学科，上海市医学领先专业重点学科，上海市重中之重临床医学中心。医院长期坚持医、教、研相结合，在原发性肝癌的早期诊断和治疗，中晚期肝癌的综合治疗等方面均居国内外先进水平。
第五名：上海市杨浦区中心医院
上海市杨浦区中心医院建立并形成了一批具有先进技术和影响力的优势学科。医院承担了包括国家科技部、国家自然科学基金委、国家卫健委、上海市科委、上海市卫生健康委员会和杨浦区等在内的各级科研项目，强化开展以临床问题为导向的转化医学研究和制定科学合理诊疗方案的循证医学研究，建立了临床研究与转化医学中心（科研平台），有力地提升了医院的学科发展水平
