上海市肺科医院擅长胸外科、结核病科、呼吸内科、急诊科、肿瘤科相关疾病治疗，其诊治范围广泛，科室医疗技术均达到国内领先水平。
1、胸外科
是国家重点临床专科，是世界手术量最大的普胸外科中心，微创手术量国际首位。近几年在肺癌的综合治疗、微创胸外科手术、肺移植、气管外科以及难治性脓胸等领域取得了新的成绩，确立了学科在国内的领先地位。
2、结核病科
为上海市耐多药专家组组长单位，以诊治疑难、危重和耐多药结核病为特色，指导全市耐多药肺结核鉴别诊断及治疗工作。在肺部疑难杂症鉴别诊治、支气管介入治疗、非结核分枝杆菌肺病的诊治均居国内领先水平。
3、呼吸内科
是国家临床重点专科、国家呼吸与危重症规范化建设三级医院示范单位，设有3个病区、呼吸ICU病房以及呼吸病实验室。全年提供门急诊服务15万余人次。是全国支气管扩张症诊治与研究联盟联合盟主单位。
4、急诊科
以呼吸系统危重病、突发病为收治特色。经过多年的发展和积淀，目前科室软硬件实力雄厚，咯血介入人数和治愈率在国内领先，肺性脑病或结核性脑膜炎导致的昏迷、肺心病导致心功能不全、肺血管栓塞等疾病的诊治和急救处理方面有着扎实的临床经验。
5、肿瘤科
是国内较早开展胸部肿瘤诊治及肺癌多学科综合治疗的中心之一，也是上海市“重中之重”临床重点学科。现已发展成为技术力量雄厚、设备先进、治疗手段全面，集肿瘤临床、科研、教学于一体的研究型现代化临床科室。
