（一） 呼吸与危重症医学部，是国家重点学科、全军呼吸病研究所、全军和北京市重点实验室、国内首批PCCM专科医师规范化培训示范单位。现有高职专家62名、专业技术人员492人。医学部是集呼吸内科（含感染、肺癌、慢阻肺、哮喘、肺间质病、肺血管病、呼吸康复等）、ICU、胸外和血管介入等内外介入于一体，是国内规模最大、亚专科设置最全、内外介入一体化的胸科医疗单位之一。承担百余项国家、军队、省部级课题，获国家科技进步二等奖3项、军队科技/医疗成果一等奖4项、中华医学科技一等奖2项、军队科技进步二等奖及其他军队和省部级奖项20余项。学部临床资源极为丰富，医疗水平军队领先、国内第一梯队，科研、教学、力量雄厚，已成为集专业卫勤、胸部疾病诊治、呼吸道传染病防控、教学科研、智能化服务于一体的全军乃至全国高水平胸科疾病卫勤保障基地。

（二）创建于2011年12月。目前设有呼吸科普通门诊、呼吸科特色门诊（康复门诊、咳嗽门诊、变应反应门诊、睡眠障碍门诊、戒烟门诊）、呼吸科病房、重症康复病房、睡眠监测室、肺康复室、肺功能室、气管镜室等，服务全岛军地患者。在呼吸康复诊治、慢性阻塞性肺疾病、下呼吸道感染、肺癌的综合诊治和个体化治疗、间质性肺部疾病、胸部介入治疗、睡眠呼吸障碍等方面具有丰富经验。在岛内内率先开展了肺康复技术、内科胸腔镜、支气管下肺减容术、EBUS、支气管肺冷冻术、APC等治疗。