复旦大学附属华东医院普外科，是医院重点科室。由高干病区、特需病区和普通病区组成（近170张病床）、设有肠道、腔镜、疝气、甲乳、胃肠、乳腺和胆胰等专业课题组。有数人先后担任中国医师协会副主任、委员、上海市医师协会外科医师分会副会长、上海市劳动模范称号、中华医学会外科学委员、上海医学会普外科分会胆道学组、胰腺组、胃肠组等委员和国家科学技术奖评审专家等。在中华医学会疝与腹壁外科学组组长唐健雄教授和程爱群主任的带领下，在中国肿瘤学会胰腺癌学组委员袁祖荣教授老一辈的支持下，疝和胰胆疾病的诊治处于全市乃至全国领先水平。其中主任医师、副主任医生二十余位，2/3以上的拥有硕士或博士学位。先后承担多项国家以及市、部级重大、重点攻关项目，解决一个又一个医学难题；并获得多项国家级和市、部级科技奖励；形成以胰十二指肠切除术、肝门部胆管癌根治性切除术、肝脏巨大肿瘤半肝切除术、乳腺癌保乳手术、低位直肠癌保肛手术、造口旁疝、复发疝修补手术等以及腹腔镜胰腺手术、腹腔镜胃肠手术等为特色的科室。科室每年科研论文近20篇，承担国家自然科学基金、上海市科委等各级科研项目，是复旦大学硕士生培养点。疝与腹壁外科复旦大学附属华东医院普外科于2002年4月在“中华外科学会疝与腹壁外科学组”的支持下，正式建立了“疝与腹壁外科疾病治疗和培训基地”，历年为中国近100家医院提供了学术支持和手术技能培训，至今已成功举办了200余次“腹壁疝无张力修补技术学习班”，培训了来自全国各地各级医院1000余位医师。于2004年起在国内较早开展了应用新型复合人工合成补片行经正中切口腹腔内修补术，并率先应用了国外最新的“造瘘口旁疝专用补片“，大大简化了手术操作，加快了患者术后的恢复，使以往术后复发率从30%以上降低到5%以下。而目前所运用的“无张力修补方法”是将一种高分子材料（如聚丙烯、膨化聚四氟乙烯等）编织的补片盖在“洞”上，这种方法避免了上述的高张力情况，具有手术操作简便、创伤小、术后疼痛轻、恢复快（一般术后6小时就能恢复进食及下地行走）、复发率低（＜1%）等优点，一般三周后就能基本恢复日常活动（如骑自行车、打太极拳、游泳、慢跑步等）。目前国外90%的腹股沟疝患者均在采用这一手术方法进行治疗，疗效极好。专业组不断创新手术方法，可降解生物材料，接不同年龄的个体化手术方案，腹壁疑难病种的诊疗。目前本基地承担着国家科委、中华医学会外科分会疝和腹壁外科学组、上海市申康集团、院级多项专业学术课题研究。胆道胰腺外科复旦大学附属华东医院胆胰外科是华东医院普外科重点专业。由我国著名的胆道和胰腺疾病专家、中华医学会外科学部委员及中国肿瘤学会胰腺癌学组委员袁祖荣教授担任主任。每年进行胰胆肿瘤手术近100例。获卫生部、国家科委等多项嘉奖，发表论文100余篇，编写胆胰专著2本。承担多项国家自然科学基金、上海市科委重点项目等前沿课题的研究。复旦大学附属华东医院胆道胰腺外科整合了外科、消化内科、消化内镜中心、影像科、放疗科、内分泌科、介入诊疗科和病理科等多学科的优势力量，致力于为胆道胰腺疾病患者提供一个快速、优质的绿色诊疗通道，目标是通过以手术为主的综合治疗手段努力提高胆道、胰腺肿瘤患者的早期诊断率、长期生存率，提升良性胆道胰腺疾病的治愈率，增加胰腺炎的抢救成功率。胃肠外科胃肠外科是普通外科的一个分支。主要开展各类胃、结直肠恶性肿瘤的手术和术前、术后辅助治疗。甲、乳、肝脏外科甲乳入外科致力于内分泌外科及消化道肿瘤的临床诊治，乳腺甲状腺等疾病的手术和科研保持国内领先水平，开展规范化胃肠道肿瘤的手术和术后辅助综合治疗，积累了丰富的腹腔镜微创手术经验，拥有较强的专业技术力量。