复旦大学附属华东医院普外科是医院首批重点科室。科室共有51名医师，其中主任医师14名，副主任医师19名，博士生导师3名，硕士生导师3名。
普外科设有四个亚专业组，由高干病区、特需病区和普通病区组成，核定病床170余张。开设有疝与减重代谢外科、肝胆胰脾外科、胃肠道外科和甲乳外科专业组。年门诊量6万余人次。
科室承担复旦大学医学院本科、研究生和博士生教学任务，每年带教百余名学生。科室是住院医生规范化培训基地。
科室每年科研论文50余篇，先后承担多项国家以及市、部级重大、重点攻关项目，解决一个又一个医学难题；并获得多项国家级和市、部级科技奖励。
疝与减重代谢外科专业组
华东医院普外科疝与腹壁专业组是中华医学会疝与腹壁外科学组组长单位，国内最早成立的疝与腹壁疾病专业诊疗中心。经过20年的不懈努力，在业界创造了权威的学术影响力，先后牵头制定了多项专家共识与诊疗指南，为我国的疝与腹壁外科的发展起到了积极的推动作用。
我中心目前由中华医学会外科学分会常委、疝和腹壁外科学组组长唐健雄教授和华东医院普外科主任顾岩教授负责。于2004年起在国内较早开展了应用新型复合人工合成补片行经正中切口腹腔内修补术，并率先应用了国外最新的“造口旁疝专用补片”进行造口旁疝治疗，近年来又利用新型生物可吸收材料行腹股沟疝后壁加强重建手术(tARB手术)及腹壁疝腹膜腱膜加强补片修补手术(FRAEM手术)等创新术式更是简化了手术操作，加快了患者术后的恢复，使术后复发率及远期并发症均显著降低。
华东医院“疝与腹壁外科疾病治疗和培训基地"是上海地区唯一的疝与腹壁外科专科，也是华东医院临床医学研究中心，擅长腹股沟疝、切口疝、脐疝、腹壁肿瘤、食管裂孔疝、造口旁疝、腹直肌分高等各类疝病的临床诊治，已累计完成各类手术2万余例。中心微创手术比例逐年升高，根据患者病情、年龄及需求进行个体化治疗方案及植入材料选择。同时对疝和腹壁急重症患者以及疝相关术后并发症的处理具有独到的经验，在业内享有盛誉。
顾岩教授领衔的减重代谢外科团队成立于2009年，致力于在全国范围开展减重代谢外科手术。经过十余年的不懈努力与成长，在业界创作了权威的学术影响了，先后牵头制定了多部指导性教材、指南与共识，承担多项国家自然科学基金在内的科研项目，为减重代谢外科的发展起到了积极的推动作用。
本中心迄今已成功施行了千余例包括"胃袖状切除(LSG)、胃肠转流手术(By-pasS)、OAGB、SADI-S及修正手术"在内的各种微创减重手术，并于2018年在国内首先开展了日间减重手术，为广大肥胖症及肥胖合并糖尿病等代谢疾病患者恢复身体健康带来了福音。华东医院减重代谢中心也是华东医院重点专病科室之一，微创手术，创伤小，恢复快，术后48小时内即可放心出院，术后减重效果明显，糖尿病缓解率可达80%以上，获得患者的广泛好评！
肝胆胰脾专业组
华东医院普外科肝胆胰脾外科专业前身是2006年成立的华东医院胆胰疾病诊疗中心，也是国内较早成立的专科诊疗中心之一。在肝胆胰疾病方面，尤其胆道胰腺恶性肿瘤的手术切除和围术期综合治疗等方面居国内先进行列。借助华东医院在老年医学领域的领先优势，对老年肝胆胰疾病患者的手术抢救成功率颇高。不仅有93岁的老年胰腺癌患者获得根治性手术切除后长期存活，还有104岁的胆道感染患者，得到及时手术而重获新生。
团队是国内最早开展消化道肿瘤微创手术治疗的单位之一，在胰腺肿瘤的微创手术治疗方面居全国领先地位。尤以高难度的腹腔镜胆道胰腺肿瘤根治手术见长。学术带头人姜翀弋主任曾代表团队参加中华医学会外科学分会主办的“外科金手指手术比赛”获全国一等奖。
目前腹腔镜胰十二指肠切除术、腹腔镜胰体尾癌RAMPS根治术、腹腔镜保脾胰体尾切除术等胰腺微创手术已成为我中心临床特色开展项目。同时在手术中总结经验、积极创新，结合我院病患特点，开展老年腹腔镜胰腺功能保全手术，其中“腹腔镜保留十二指肠胰头切除术”通过院外专家的评审，被评为手术难度等级最高的A类上海市先进技术。
对无法手术切除的肝胆胰恶性肿瘤患者，倡导“带瘤生存”的新概念，制订个体化治疗方案，联合我院影像学科、消化内科、放疗科、肿瘤内科等，建立肝胆胰疾病多学科会诊制度（MDT），通过制定个体化治疗策略，不仅使这些恶性肿瘤患者延长了生命，提高了生活质量，还使部分患者重获手术根治机会，再燃生命的希望。
自2015年起，我中心每年承办胰腺微创手术的国家级培训班，已举办七期，累计培训来自全国的胰腺外科医护人员百余人。
在国家自然科学基金、上海市科委重大项目、上海市科委创新项目、上海市申康中心创新项目及上海市卫健委临床研究项目等课题的资助下，我们团队在胰腺肿瘤微创技术的临床推广应用、肝胆胰肿瘤发病机制、肿瘤化疗敏感性及抗癌药物筛选等方面做出了卓有成效的研究。在日本肝胆胰协会官刊、美国腹腔镜内镜医师协会官刊等权威国际杂志发表论文50余篇，单篇最高影响因子21分。多次在国际国内肝胆胰年会交流我中心经验。参与编写著作5本。并牵头制定了国内首部《腹腔镜/机器人辅助胰腺癌根治术的中国专家共识》规范胰腺癌的微创手术治疗。在上海申康医院发展中心公布的《上海市级医院上海本地恶性肿瘤手术患者生存情况分析》中，经我院手术治疗的胰腺恶性肿瘤患者的1年生存率居上海三甲医院榜首。
胃肠外科专业组
胃肠外科作为医院重要的亚专科之一，基础扎实，常规开展腹腔镜及开腹胃肠肿瘤根治手术，在老年胃肠肿瘤手术及围手术期处理方面有一定经验。
医院自引进国内著名胃肠外科专家韦烨教授以来，学科建设取得了迅猛的发展。专业特色和优势十分明显：1，以机器人超低位直肠癌保肛手术为品牌，让更多的直肠癌患者在微创根治手术的同时得以保肛。2，全面实行快速康复外科理念，减少手术并发症，缩短住院时间，降低治疗费用。3，开展胃肠肿瘤多学科协作诊疗（MDT）门诊，为转移复发胃肠恶性肿瘤患者，提供“一站式”服务、避免患者往返就诊于不同科室，同时制定个体化、精准化诊疗方案，使患者达到最佳生存获益。
甲乳外科专业组
擅长1、甲状腺癌早期诊断、治疗（手术、药物）和全程管理。2、甲状腺结节鉴别诊断；甲状腺结节超声＋造影检查；甲状腺结节穿刺活检＋基因检测。3、甲状腺结节和甲状腺术后长期随防和全程管理。4、甲状腺颈部无痕手术；甲状腺术中喉返神经和甲状旁腺保护；甲状腺结节消融术。5、甲状旁腺增生或肿瘤的诊断与治疗。6、乳腺癌早期诊断治疗。全自动乳腺容积超声断层扫描、乳腺X线断层摄影、乳腺磁共振检查、肿块微创活检。7、乳腺癌个体化＋综合治疗方案（手术、化疗、放疗、内分泌治疗、靶向治疗、免疫治疗）；乳腺癌术后全程管理。8、乳房结节的鉴别诊断、长期随防和全程管理。