北京治疗肛瘘比较好的医院排名为北京协和医院、首都医科大学附属北京安贞医院、中国人民解放军总医院等。 北京协和医院基本外科在我国医学史上有着辉煌的业绩，涌现出很多全国甚至国际闻名的医学专家，比如曾宪九、朱预、费立民、蒋朱明、钟守先、赵玉沛教授等。在国内最早细化建立专业组，包括胰腺、胆道、胃肠、血管、乳腺、肝脏、外科营养、重症及相关临床专业实验室。 首都医科大学附属北京安贞医院肛肠科，是由一批临床经验丰富的主治医师以上职称的医务人员组成。熟悉肛肠科常见病、多发病、疑难病的诊治，尤其在治疗如痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、脱肛、结肠炎、便秘、结直肠肿瘤等方面具有显著优势。 中国人民解放军总医院普通外科医学部，于2020年6月正式挂牌成立，下设腹部创伤外科、胃外科、结直肠外科、甲状腺（疝）外科、乳腺外科5个亚专科。擅长常见、疑难结肠病、直肠病的治疗。