北京治疗川崎病比较好的医院有首都医科大学附属北京儿童医院、首都医科大学附属北京安贞医院等，这两家医院的小儿心内科在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》分别名列第二、第三。 川崎病需就诊于小儿心内科，首都医科大学附属北京儿童医院心内科主要收治来自全国各地的各类严重心律失常、暴发性心肌炎、感染性心肌炎、扩张型心肌病、限制型心肌病、肥厚型心肌病、充血性心力衰竭、感染性心内膜炎、川崎病、高血压、心包积液等各类心血管疾病，收治专业病人数居全国首位，同时具备先进的Ensite NavX三维标测系统等。 首都医科大学附属北京安贞医院首都医科大学附属北京安贞医院心脏内科中心是全国心血管疑难危重疾病的诊治中心之一、心血管专科人才培养和继续教育的国家级基地、心血管研究和疾病诊疗新技术的孵化基地，国内最大的心血管疾病诊疗中心之一。科室设有冠心病组、心律失常组、结构性心脏病组、高血压组、心力衰竭组等亚专科组，擅长各种心血管疾病的诊治。