北京有质子重离子治疗中心的医院有中国医学科学院肿瘤医院、北京大学肿瘤医院、北京协和医院，分别在复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》排名第1、4、10。 质子重离子治疗中心属肿瘤内科。其中，中国医学科学院肿瘤医院能够全面开展手术(含微创和内镜下治疗)、化疗、放射治疗、介入治疗等多种治疗手段。在肺癌、食管癌、乳腺癌、恶性淋巴瘤等多种肿瘤的多学科规范化综合治疗位居国内前列，部分达到国际先进水平。 北京大学肿瘤医院在多种常见肿瘤如头颈肿瘤、肺癌、消化道肿瘤、淋巴瘤、乳腺癌、软组织肿瘤等的放疗及综合治疗方面达国内先进或领先水平，在肿瘤基因治疗结合放疗、热疗的科研和临床方面达国际领先水平。同时在复发转移性乳腺癌的治疗中，其诊治水平在国内享有盛誉。 北京协和医院肿瘤内科致力于各种实体肿瘤的诊断和综合治疗，包括乳腺癌、肺癌等，开展化疗、热灌注化疗、分子靶向治疗和免疫治疗等内科疗法。在罕见肿瘤、老年肿瘤、有合并症的肿瘤等复杂疑难病例诊治上积累了独到的经验。