北京治疗肾囊肿比较好的医院包括中国人民解放军总医院、北京大学第一医院等，这两家医院的泌尿外科都登上了复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》，分别位居全国第1、第2名。肾囊肿需就诊于泌尿外科。 中国人民解放军总医院泌尿外科医学部经过60多年的奋力拼搏，现已发展成全军和全国领先、国际一流的泌尿外科中心。医学部设结石外科、肾脏外科、膀胱外科、前列腺外科、肾上腺外科和男科6个亚专科和专业组和1个研究所，年门诊量超过33万人次，年手术量超过10000例。 北京大学第一医院泌尿外科暨北京大学泌尿外科研究所是新中国泌尿外科事业的发源地和先行者。本学科一直为高教部、教育部国家重点学科，也是北京大学第一医院重点支持的学科和中央保健基地的组成部分。泌尿外科是国内最早开展肾移植手术、泌尿外科腹腔镜手术、尿路腔镜手术的学科。科室共四个病房，设有内镜、超声、尿控、碎石等诊疗空、男科、病理、分子生物学、生化和化学等研究室。