北京儿童自闭症比较权威医院有北京大学第六医院、首都医科大学附属北京安定医院、北京回龙观医院。这三家医院分别精神科位居复旦版《2021年度中国医院专科声誉排行榜》第一名、第五名、第九名，儿童自闭症症可就诊于精神科。 其中北京大学第六医院是世界卫生组织确定的国内第一家精神卫生研究和培训协作中心，以排名第一的成绩被认定为国家精神心理疾病临床医学研究中心，医院综合实力卓越、亚专科齐备、诊疗病种鲜明，为我国精神卫生建设做出了重要贡献。 首都医科大学附属北京安定医院是国家精神疾病医学中心，是北京唯一的精神疾病资源库，开设北京唯一24小时精神科急诊，由医院主研的抑郁症全程量化治疗、多种精神科药物血药浓度检测、精神康复治疗和神经调控治疗等技术等均处于行业前沿。 北京回龙观医院是北京市乃至全国规模最大的公立三甲精神卫生专科医院，是首批国家精神病临床重点专科单位，其精神疾病康复、双相情感障碍、酒依赖、睡眠障碍和心理危机干预、临床心理等专业领域处在全国领先水平。