北京肺结核专科医院包括首都医科大学附属北京胸科医院、中国人民解放军总医院等，这两家医院的结核病科都登上了复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》，分别位居全国第1、第9名。 首都医科大学附属北京胸科医院的结核科连续五年位列“中国医院科技量值(影响力)排行榜” 结核病领域榜首，获得省部级科技奖励8项，牵头国家科技重大专项课题4项，负责子课题24项 ，国家自然基金项目18项。团队从事结核病和非结核分枝杆菌病的临床科研教学工作，多位专家承担全市结核病疑难病例会诊，成功组织救治疑难重症伴严重并发症患者，处于全国顶尖水平。 中国人民解放军总医院结核病医学部，是全军唯一的结核病临床诊疗、预防保健和科研教学为一体的综合性学部，是国家重点学科呼吸内科的重要组成部分，是国家中西医结合治疗结核病重点学科、全军首批国家临床重点专科建设单位等。学部下设结核病科、结核病防治队两个亚专科和结核病研究所。 此外，比较推荐的治疗肺结核病的医院还有北京协和医院、北京大学第一医院等。