福建三甲医院有福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院、福建省立医院等多家，其中福建医科大学附属第一医院是福建省高水平医院，荣登“中国医院综合排行百强榜”、“中国医院科技影响力百强榜”、“中国医院竞争力顶级医院百强榜”；福建医科大学附属协和医院成功跻身“亚洲华人地区最佳医院百强”“中国·东盟最佳医院百强”；福建省立医院连续多年入选香港艾力彼医院管理研究中心发布的中国医院竞争力排行榜百强。
第一名：福建医科大学附属第一医院
福建医科大学附属第一医院是福建省首家公立西医医院，目前已成为福建省集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等医院。医院综合实力雄厚，是福建省高水平医院，在国家卫健委公布的三级公立医院绩效考核中，连续4年荣获A+，并荣登“中国医院综合排行百强榜”、“中国医院科技影响力百强榜”、“中国医院竞争力顶级医院百强榜”等。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第84。
第二名：福建医科大学附属协和医院
福建医科大学附属协和医院现已成为一所集医疗、教学、科研、预防和保健为一体的大型三级甲等综合性医院，医院综合实力雄厚，跻身“亚洲华人地区最佳医院百强”“中国·东盟最佳医院百强”“全国医院综合实力百强榜”“中国医院科技影响力百强榜”等，在国家卫健委已开展的三级公立医院绩效考核中，成绩为A+。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第88。
第三名：福建省立医院
福建省立医院是福建省最早创办的公立医院之一，先后获评全国卫生计生系统先进集体、全国文明单位、全国人文爱心医院等。医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大，在国家卫生健康委三级公立医院绩效考核中连续位居前50名并取得A+的优秀成绩，连续多年入选香港艾力彼医院管理研究中心发布的中国医院竞争力排行榜百强。
第四名：厦门大学附属第一医院
厦门大学附属第一医院是一所集医疗、教学、科研、预防及康复为一体的闽西南规模最大的三级甲等综合性医院，在国家卫健委公布的2020年度全国三级公立医院绩效考核榜单中，医院排名全国第56名，全市第一。已连续5年跻身“中国医院竞争力·顶级医院百强榜”，位列第85位，最早实现厦门市全国顶级医院百强榜零的突破，继续领跑闽西南。
第五名：福建省肿瘤医院
福建省肿瘤医院作为承担福建肿瘤防治与研究的重要平台，形成肿瘤领域的技术高地、学科高地、人才高地和服务高地，在肿瘤防控和综合诊疗方面形成特色优势，在全省及周边地区的肿瘤防治工作中发挥着龙头作用。医院综合实力和影响力在国内省级肿瘤专科医院中名列前茅，2019年、2020年国家卫健委考核评比连续位列全国三级肿瘤专科医院第8名，等级为最高级——A等级。
第六名：福建医科大学附属第二医院
福建医科大学附属第二医院是省内主要的医疗、教学、科研基地之一，是闽南地区最早的一所三级甲等综合性医院及博士、硕士研究生学位授权点单位。医院临床、医技科室齐全，其中内科领域在相关学科带头人开拓领导下，学科建设长足发展，多个二级专业跃入省内先进水平，其中自身免疫风湿病专业省内领先。
第七名：厦门大学附属中山医院
厦门大学附属中山医院现已发展成为集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级甲等综合性医院和世界知名高水平研究型大学附属医院，2019年—2021年，全国三级公立医院绩效考核中，中山医院连续三年荣获“国考”A+评价，并跻身2021中国医院竞争力排行榜“顶级医院100强”，多个学科率先开展了临床新技术和新项目，填补了许多医疗技术空白。
第八名：福建省龙岩市第一医院
福建省龙岩市第一医院是龙岩市唯一一家集医疗、教学、科研为一体的三甲综合性医院，各专科技术力量均在全市领先，以危急重症、心脑血管、肿瘤、消化道疾病综合诊治为主要发展方向，医院在全力打造传统优势学科的同时，着力特色学科的发展，如手外科、耳显微外科、蛇伤救治等技术在全省地市级医院中居于领先。
第九名：福州市第二医院
福州市第二医院是福州市属医疗机构中历史最为悠久的百年老院，为全国第一批中西医结合三级甲等医院，是以骨科为龙头，集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的中西医结合三级甲等医院。医院连续四年在全国三级公立医院绩效考核中监测指标考核为A级，成为公立医院高质量发展省级试点单位。
第十名：福建中医药大学附属人民医院暨福建省人民医院
福建中医药大学附属人民医院暨福建省人民医院是福建省人民政府创办的首家公立医院，也是福建省首家三甲中医院，现已发展成为一所名家百家辈出，中医特色鲜明，综合实力雄厚，集医疗、教学、科研、预防、康复为一体的三级甲等综合性中医院，位列全国中医医院百强第26位。