福建医科大学附属第一医院擅长核医学科、康复医学科、皮肤科、神经内科、整形科。这5个科室均为省内或国家重点学科，技术实力雄厚。
1、核医学科
科室拥有高层次人才队伍，仪器设备先进，居国内领先水平。率先在省内建立核素治疗病房，规模居全国前列。对前列腺癌、神经内分泌肿瘤、胰岛素瘤、血液系统肿瘤及淋巴疾病等的诊断及治疗具有明显的优势。
2、康复医学科
科室建成全国首个VR康复治疗中心，在福建省最早、全国第四个开展超声引导下环咽肌肉毒毒素注射治疗，并在全国大型三甲综合性医院中率先实现全院临床康复一体化。在脑损伤后气管切开伴吞咽障碍、气道通畅性和感染的评估技术、气管拔管技术有丰富的诊疗经验。
3、皮肤科
是福建省最大的皮肤性病学科，是福建省临床重点专科。拥有福建省规模最大的病房，配备全套皮肤影像系统和国际一流皮肤病治疗设备，使许多皮肤病的检查治疗实现精准无创，是全省急、危、重，疑难及罕见皮肤性病的集中地。
4、神经内科
为福建省医学重点学科，是福建省神经病学唯一的国家临床重点专科建设项目单位，现为中国罕见病协作网省级牵头单位。科室在神经遗传病和肌肉疾病领域具有传统优势，取得了具有国内外先进水平的一系列标志性成果，形成了可持续发展的良好基础，目前处于国内领先地位。
5、整形科
是集修复重建外科、美容外科、激光美容为一体的专门学科，是国家临床重点专科和福建省临床重点专科，技术力量雄厚，具有丰富的临床经验。开展各种类型的整形美容手术，有多项创新手术，技术水平处于国内先进水平。
