福建医科大学附属协和医院擅长胸外科、血液内科、心血管外科、烧伤科、肾内科。上述科室均为省、国家重点学科，具有丰富的临床诊疗经验。
1、胸外科
是福建省最早成立的普胸外科专业科室和首批重点学科，团队在“四分法”支气管吻合技术、“食管悬吊法”清扫喉返神经旁淋巴结、食管癌全程管理及改良快速康复、2.5野食管癌淋巴结清扫等技术居业内一流水平。
2、血液内科
是国家临床重点专科、省“211工程”重点学科。是福建省规模最大，集医疗、教学、科研与人才培养为一体的血液病诊疗中心，学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出。
3、心血管外科
是福建省集医疗、教学和科研为一体的心脏中心，首批国家临床重点专科，省重点学科。专科年手术量近3000台，连续10余年手术量居全省第一，全国十五强，是省内唯一心脏手术量突破千台的单位。
4、烧伤科
为国家及福建省临床重点专科单位、中华医学会烧伤外科学分会医疗大数据副组长单位，成为福建省烧伤外科专业临床、科研、教学及继续医学教育的中心。可满足开展烧伤救治、整形康复及各类创面处理的需要。
5、肾内科
是福建省重要的肾脏病专科及血液净化治疗中心，有丰富的开展经皮肾组织穿刺活检、血液透析、腹膜透析、连续肾脏替代治疗的临床经验，擅长各种原发性肾小球肾炎、继发性肾脏病、急性肾损伤、慢性肾功能衰竭、肾小管间质疾病以及尿路感染等各类肾脏疾病的治疗，成功抢救了大量危重症病人。