上海医院排名第一的是上海交通大学医学院附属瑞金医院，该医院连续三年获国家公立医院绩效考核A++等级，在复旦版榜中已连续十一年位居第四、上海第一。除此之外，上海医院排名靠前的还有复旦大学附属中山医院、复旦大学附属华山医院，分别位列全国第五和第八。
第一名：上海交通大学医学院附属瑞金医院
上海交通大学医学院附属瑞金医院连续三年获国家公立医院绩效考核A++等级，在“复旦中国医院综合排行榜”中已连续十一年位居第四、上海第一，同时拥有中国科学院院士陈竺、中国工程院院士王振义、陈赛娟等大批在国内享有高知名度的医学专家。另外，医院在国内外医学界享有盛誉，建立起了中国危重烧伤救治的雏形，并第一次在国际上提出危重烧伤治疗的中国概念，奠定了我国烧伤外科治疗水平跃居国际领先地位的基础。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第四。
第二名：复旦大学附属中山医院
复旦大学附属中山医院是中国人创建和管理的最早的大型综合性医院之一，是上海市第一批三级甲等医院。在全国三级公立医院绩效考核中，医院位列2020年度全国第一，2021年度全国第二，连续4年获得最高评级“A++”。医院学科综合实力出众，在心脏、肝脏、肾脏等领域的临床能力处于国内顶尖、世界先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第五。
第三名：复旦大学附属华山医院
复旦大学附属华山医院首批通过国家三级甲等医院评审，是国内最著名、最具国际化特色的医、教、研中心之一。在专科声誉排行榜中，医院有6个学科位于全国前三名，10个学科位于前十名。医院医疗技术力量雄厚，声誉辐射全国，蜚声海外，是上海首家提供涉外医疗服务的单位，现为10国领事馆指定医疗机构。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第八。
第四名：上海交通大学医学院附属仁济医院
上海交通大学医学院附属仁济医院是上海开埠后第一所西医医院，是一个学科门类齐全，集医疗、教学、科研于一体的综合性三级甲等医院。医院在2019年度医院综合实力排名榜（复旦版）中位列全国第十五名，在全国医院专科声誉排名中，医院消化内科排第二，风湿免疫科排第三，其余多学科均获提名，处于国内领先地位，部分领域达国际先进水平。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第17。
第五名：上海交通大学医学院附属第九人民医院
上海交通大学医学院附属第九人民医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院、上海市口腔干部保健医疗定点医院，拥有5位中国工程院院士，现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。该医院在复旦版《2021年度中国医院综合排行榜》中排名第23。