上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心擅长心胸外科、心血管内科、血液肿瘤科、重症医学科、新生儿科。专业技术过硬、技术勇于创新，处于国内领先地位。
1、心胸外科
是国家重点学科、国家“211工程”重点建设学科，学科始终以新生儿、复杂型先天性心脏病、微创胸外手术、微创心脏手术为主攻方向，开展婴幼儿各种复杂先天性心脏病手术治疗，无论在量和质方面，均位居国际领先行列。
2、心血管内科
是国内较早的儿科三级学科之一，已发展为集医、教、研一体的国内领先的小儿心脏病诊治中心。积极推进儿童心肌病、肺动脉高压等罕见病的精准诊治，收治的儿童心血管罕见病的数量之多、病种之全在国内领先。
3、血液肿瘤科
主要从事0~18周岁儿童和青少年血液及肿瘤疾病的临床医疗、教学和科研工作。已形成了白血病、淋巴瘤、实体肿瘤、脑肿瘤、良性血液病、造血干细胞移植、细胞免疫治疗等七大亚专业，是国内规模最大、水平最高的儿童血液团队之一。
4、重症医学科
从事儿童（29天-18岁）危重症患者的救治，及开展相关教学和科研工作。临床综合实力、科技创新能力、国际影响力和社会服务功能等实现了跨越式发展，目前已成为国内一流的儿童重症医学科。
5、新生儿科
学科立足浦东新区，团队实力不断提升、影响力持续扩展，已成为上海主要的新生儿疾病诊治中心之一。病种涵盖新生儿危重疑难病例、早产儿和先天性疾病和畸形等，科室综合实力达到国内先进水平。