复旦大学附属中山医院擅长的科室有呼吸内科、心血管内科、普通外科、心外科、胸外科等，这些科室都有着高超的诊疗技术，患者可根据自身需求选择。
1、呼吸内科
是由我国著名肺病学家、防痨事业奠基人之一吴绍青教授创立。也是国内最早建立的肺病学研究室。最早在国内开展无创正压通气、保护性机械通气、心肺功能监测、肺泡液体转运与肺水肿治疗。
2、心血管内科
是我国教育部重点学科，国家临床重点专科。涌现出一批国家医学发展需求的重大科技成果：如炎症性心肌病研究、血管内超声技术、新型冠脉药物支架。
3、普通外科
学科创始人是著名外科学家沈克非教授，目前是国家“211工程”建设重点学科、教育部国家重点学科和卫计委国家临床重点专科，在临床营养、胃肠外科、胆道外科、胰腺外科以及胃肠动力等领域形成了诊疗特色。
4、心外科
由我国著名医学家黄家驷教授创建，是我国心血管外科的创始基地之一，是国内首批硕、博士授予点，曾创造了二十余项“国内外第一”，如国内首例右位心移植等，现为国家重点学科、国家临床重点专科。
5、胸外科
目前已经发展成为集“医、教、研”一体的胸外科疾病诊疗中心，被评为卫生部临床重点学科，同时还是上海市重点学科、上海市胸心外科临床质量控制中心等，能开展各类常规胸外科手术，诊治水平走在世界前沿。
除此之外，医院还擅长肾脏内科、消化内科、内分泌科、放射科、麻醉科、整形外科、检验医学科、核医学科、超声医学科、全科医学科。各学科建立了良好的疑难病的诊治和会诊机制，为病人提供了优质、高水平的医疗服务。